Staffel 5 folgt auf Staffel 4 und wird von Staffel 6 gefolgt. Die Staffel trägt den Namen Morro.
Handlung
Nach der Verbannung seines Vaters ist Lloyd so traurig wie nie zuvor. Das macht seinen Geist anfällig für den aus der Verfluchten Welt entkommenen Geist Morro, den Meister des Windes. Dieser ergreift Besitz von ihm. Sein Ziel ist es, den Weltenkristall aus der Grabstätte des Ersten Spinjitzu-Meisters zu holen. Dazu muss er jedoch die Schriftrolle des Airjitzu und das Schwert der Prophezeiung finden. Schließlich gelingt es ihm, und Cole wird bei dem Versuch, die Schriftrolle aus dem Tempel des Airjitzu zu holen, in einen Geist verwandelt.
Morro schafft es, den Weltenkristall zu finden, und lässt das UrBöse, die Verkörperung der Verfluchten Welt, in der Stadt Stiix freizulassen. Doch als Nya ihr wahres Potenzial entfaltet, kann sie es besiegen. Morro wird vom UrBösen mitgezogen, obwohl Sensei Wu versucht, ihn zu retten. Er gibt Wu noch den Weltenkristall und lässt sich dann unters Wasser ziehen.
Episoden
Stürmischer Wind
Sensei Wu hat gerade ein Teegeschäft eröffnet und bittet die Ninja dafür Werbung zu machen. Doch plötzlich wird Lloyd von einem bösen Geist heimgesucht, wodurch die Ninja ihre Kräfte verlieren, der Besitz von seinem Körper ergreift und die Kontrolle übernimmt. In Gestalt von Lloyd überfällt der Geist schließlich das neue Teegeschäft und das Unglück nimmt seinen Lauf. Wu erkennt in dem Geist seinen ersten Ninjaschüler, den Meister des Windes, wieder. Der Geist namens Morro will Wus Stab, weil nur dieser die Antwort auf das Rätsel enthält, wie man zu der Ruhestätte des Ersten Spinjitzu-Meisters gelangt. Sensei Wu schafft es gerade rechtzeitig eine Kopie zu machen.
Geistergeschichte
Sensei Wu erzählt den Ninja die Geschichte von Morro. Danach müssen sich die Ninja auf den Weg nach Stiix machen, um die Airjitzu Schriftrolle, die von Ronin aus der alten Bibliothek gestohlen wurde, zurückzuerobern. Jedoch hat Morro denselben Plan wie die Ninja. Das stellt sie vor große Herausforderungen. Unterwegs werden die Ninja von Geistern aufgehalten.
Die Stadt über dem Wasser
Die Ninja sind trotz der Geister in Stiix angekommen, um die Airjitzu-Rolle von Ronin - einem Dieb - zu holen. Allerdings will er die gestohlene Rolle nur zurückgeben gegen Geld. Da die Ninja kein Geld haben, beschließen sie die Rolle nachts zu klauen. Doch dann taucht Morro auf und kurze Zeit später auch Ronin. Am Ende schafft Morro es die Schriftrolle zu bekommen und Kai verfolgt ihn, allerdings sitzt er dann über dem Wasser fest und wird von Ronin gerettet, muss dabei allerdings die Anteile aller Ninja am Teeladen an Ronin verkaufen. Der verrät ihnen aber, dass es noch einen zweiten Weg gibt, an die Rolle zu kommen.
Sensei Yangs Prüfung
Während Nya immer noch mit ihrem Training beschäftigt ist, eine Meisterin des Wassers zu werden, machen sich die Ninja auf den Weg zu Sensei Yangs Tempel. Ein gruseliger Ort, in dem es in der Nacht spuken soll. Zur Geisterstunde zeigt sich Sensei Yang den Ninja und stellt sie vor eine schwierige Prüfung. Als die Ninja die Prüfungen bestanden hatten, bekamen sie die Airjitzu-Rolle und mussten schnell aus dem Gebäude fliehen, damit sie nicht zu Geister werden. Cole wurde zum Geist, weil er die Schriftrolle gerettet hat und deshalb zu spät aus dem Tempel kam.
Zyklon-Go
Misako ist es gelungen, den nächsten Hinweis zu entschlüsseln: das Schwert der Prophezeiung. Leider verbirgt es sich weit oben über den Wolken im Wolkenkönigreich. Die Ninja erklimmen den Berg, doch Morro hat sich bereits auf dem Weg gemacht und versucht die Ninja aufzuhalten, doch die Ninja schaffen es durch das Portal und Morro bleibt zurück.
Das Schwert der Prophezeiung
Die Ninja sind ins Wolkenkönigreich gekommen und Morro kam zu spät, doch Fen-Wik, der Leiter des Königreichs, hat einen Deal mit den Geistern abgeschlossen, der ihn vom Ur-Bösen schützt und er schickt die Ninja zu Nimbus und die Geister schickt er zum Schwert der Prophezeiung. Die Ninja Schaffen es Nimbus zu entkommen und Fen-Wik wird von Nimbus gejagt. Nach einer Verfolgungsjagd schafft es Kai, das Schwert zu ergattern.
Falsches Spiel
Die Ninja suchen noch immer nach der Ruhestätte des ersten Spinitzu-Meisters. Ronin wird währenddessen gezwungen, den Geistern das Schwert der Prophezeiung zu geben und Ronin schafft es vor den Ninja zu fliehen und gibt das Schwert an Morro. Aber Morro nimmt dann auch noch Besitz von Ronin und lenkt die Ninja auf eine falsche Fährte, die ihnen fast das Leben kosteten. Aber Ronin hat sein Fahrzeug R.E.X. los geschickt, um die Ninja zu holen. R.E.X. fliegt die Ninja dann zur Ruhestätte.
Die drei Prüfungen
Die Ninja nutzen Ronins Luftschiff, um zum Grab des ersten Spinjitzu-Meisters zu kommen, der in einem Unterwassergrab unter dem Meer liegt. Kaum dort, müssen sie feststellen, dass Morro ihnen bereits zuvorgekommen ist. Die Ninja schaffen alle Prüfungen und haben den Weltenkristall wieder in ihren Händen als Morro droht Lloyd was anzutun. Die Ninja tauschen den Weltenkristall gegen Lloyd. Morro kann entkommen.
Der Weltenkristall
Morro öffnet mit Hilfe des Weltenkristalls ein Portal zur verfluchten Welt und Stiix wird mit Geistern überflutet. Die Ninja kommen mit neuen Fahrzeugen in Stadt und Nya lenkt als Lloyd verkleidet Morro ab, während der echte Lloyd den Weltenkristall versucht zu stehlen. Lloyd hätte den Kristall fast zerstört, doch dann kommt das Ur-Böse.
Die verfluchte Welt
Das Ur-Böse treibt ihr Unwesen in Stiix und die Ninja unterstützt von Ronin versuchen das Ur-Böse aufzuhalten. Ronin, Misako und Sensei Wu versuchen die Zivilisten in Sicherheit zu bringen, während Lloyd gegen Morro in verschiedenen Dimensionen kämpft. Die Ninja versuchen das Ur-Böse im Wasser zu versenken, doch die Geister bauen ihn einem Körper. Die Ninja und Zivilisten fahren schnell mit einem Dampfer aufs offene Meer, welches zu tief fürs Ur-böse ist. Morro schüttelt Lloyd ab und ist wieder beim Ur-Böse. Der Trick klappt, weil Nya ihr wahres Protential entfaltet und das Ur-Böse sinkt zusammen mit Morro. Sensei Wu versucht Morro zu retten doch vergeblich, Morro gibt ihn den Weltenkristall und löst sich im Wasser genau wie das Ur-Böse auf.