Die Ninja können vorerst aufatmen. Sie und ihre Freunde sind erneut gerettet, doch das totgelaubte Ultraböse lebt und wurde von Pythor und General Cryptor am Grund des Meeres geborgen, wo zuvor der Robo-Drache abgestürzt war.
Lloyd hat seine goldene Kraft nach den Vorfällen aufgegeben und an seine Freunde verteilt, was ihn nun uninteressant für das Ultraböse macht.
Sensei Wu und seine Schüler sind auf der Suche nach Spuren vom entführten Cyrus Borg, als sie eine verschlüsselte Botschaft mit dem Codename Projekt Arcturus auffangen. Die Ninja und ihre Freunde rätseln und gleichzeitig entdecken sie General Cryptor mit zwei Transportern voller Benzin in Richtung westen fahren. Kai nimmt die Verfolgung auf und es gelingt ihm den ersten Tanker zu zerstören, wird dann aber entdeckt und gefangen genommen.
Durch gründliche Überlegungen gelangen die Ninja zu dem Schluss, dass es sich beim Projekt Arcturus um ein galaktisches Unterfangen handelt, dass das Ultraböse zu den Goldenen Waffen gelangt und somit zum Goldenen Meister wird.
Die Ninja reisen in die antike Schlangenstadt Oroborus, wo es ihnen gelingt Kai zu retten und im letzten Moment, inklusive Lloyd, an Bord der Rakete zu gelangen.